把你的shiny网页工具部署在云服务器
以下是投稿
缘由
我们课题组有一份油菜的核心种质资源,前几年经重测序之后已经发表了。但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源,实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP,所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上,但是由于我开发的这个Shiny app本来就打开比较慢,加上很多时候服务器负荷运行,导致Shiny app打开速度就更慢了,有的时候甚至加载时间过长直接打不开。恰巧我紧跟生信技能树推文更新,了解到可以搞个云服务器来部署Shiny应用。
购买服务器
一开始@思考问题的熊建议我利用RStudio的Shinyapp.io
部署Shiny应用,看名字就知道这是RStudio专门开发的用于部署Shiny应用的一个服务器,有免费版也有企业版的,对于我来说免费版的就足够了,具体使用可以参考官方手册,我这里不讲,因为我的应用无法部署上去,我使用到的一个包genetics显示来源有问题,不兼容。具体就是这个包我是从CRAN安装的,但是利用rsconnect检测的时候显示genetics的来源是BioConductor,这就很尴尬了,Google发现很多用户都遇到个类似的问题,有的解决办法是从GitHub上安装绕过了这个问题,genetics好像不能通过GitHub安装,所以没办法只能弃之,自己购买一个云服务器进行部署。
服务器产商很多,国外的AWS我也尝试注册过,它提供为期一年的免费试用,但是注册激活的时候需要填信用卡信息,我没有,只能放弃,转向国内的云服务器。国内的服务器主要有阿里云aliyun、腾讯云Tencent Cloud以及华为云HUAWEI CLOUD等,生信技能树也专门写了推文介绍,有需要的朋友关注生信技能树看推文哈!
我最后选了阿里云,先进入阿里云,注册登录,然后学生认证。
我直接购买了一年的学生套餐,瞄了一眼,发现还能领个20元的优惠券:
最后94元就买一年的最低配(1核2G,1M带框,40G云盘)的服务器,我主要是用来部署服务器,所以容易足够了。地域选择的话我选了华东(杭州),我不记得在哪看了篇博客,里面测试发现不同区域之间差别不大,所以我也没纠结,就选了所在城市地域。系统我就选了Ubuntu16.04 64位(好像只有这一个Ubuntu版本可选)
购买之后进入控制台,里面有云服务器的详细信息,对我最有用的话就是有个公网IP了,这样我的Shiny app全世界都能访问了!
配置服务器
有了云服务器就能各种折腾了,我已经折腾过好几台服务器了,所以比较顺利就安装配置好了部署环境,新手的话参考生信技能树的帖子:如果有一个新的服务器你会做什么?,基本能顺利地走通。
我这里就只讲一下安装Shiny-server,默认你已经安装了R语言以及Shiny包:
首先进入官网下载,里面有详细的安装方法:
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb
安装好之后,会自动创建shiny用户。
需要注意的是,你购买的云服务器你进去之后实际上是root用户登录的,我一开始部署的时候由于安装的包都是root用户安装的,所以就修改了配置问题,用root用户运行Shiny-server,开始的时候运行正常,后面突然莫名其妙就运行不了,所以我最后不得不将所有R包都删了,然后以shiny用户登录。
shiny用户登录好之后,我先进行了一下设置,主要是R语言以及shiny-server设置:
# vi .Rprofile
Sys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")
options=(repo = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
# vi .Renviron
R_LIBS=/home/shiny/R_Library
然后shiny-server配置文件如下:
# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"
preserve_logs true;
sanitize_errors false;
run_as shiny;
# Define a server that listens on port 3838
server {
listen 3838;
# Define a location at the base URL
location / {
# Host the directory of Shiny Apps stored in this directory
site_dir /srv/shiny-server;
# Log all Shiny output to files in this directory
log_dir /var/log/shiny-server;
# When a user visits the base URL rather than a particular application,
# an index of the applications available in this directory will be shown.
directory_index on;
}
}
然后就是安装各种需要用到的R包了,这里不讲,网上教程太多了,ubuntu学徒安装R包失败可以肯定的是遇到各种依赖缺失的问题,这个时候就Google或者百度了,缺啥补啥!
需要注意的是,由于我购买的是最低配的服务器,所以有些需要编译的R包有时候会由于内存不足,编译安装失败,这个时候我的建议是多安装几次,总会成功的!
所有准备环境准备好了之后,就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面,可能需要修改目录所属权限:
sudo chown -R shiny:shiny shiny-server
剩下就差最后最后一步了,云服务器多了个安全组,需要进入控制台进行设置:(左边侧栏)网络与安全-安全组,进入之后手动添加开通3838端口就行了。此时浏览器打开 http://公网ip:3838/app名 就可以看到自己部署的应用了!我这次部署了两个应用 http://121.41.229.126:3838/bnasnpdb 和 http://121.41.229.126:3838/gwas ,目前运行良好,打开速度也还行!
以上是我这次云服务器部署shiny app的经验,由于一开始没打算记录下来,现在信息大爆炸时代,技术分享实在太多了,但是@jimmy说每个人的故事都不一样,所以我就事后回忆记录一下,如果能帮助到其他人就最好了!限于本人能力,里面肯定有很多不足的地方。
- ASP.NET MVC Controller激活系统详解:总体设计
- .NET Core采用的全新配置系统[7]: 将配置保存在数据库中
- Selenium3+Python3环境部署
- Java Mail(三):Session、Message详解
- .NET Core采用的全新配置系统[8]: 如何实现配置与源文件的同步
- 四个问答让你秒懂区块链原理及应用
- .NET Core采用的全新配置系统[9]: 为什么针对XML的支持不够好?如何改进?
- 【机器学习实战】第11章 使用 Apriori 算法进行关联分析
- 【Scikit-Learn 中文文档】概率校准 - 监督学习 - 用户指南 | ApacheCN
- ASP.NET MVC路由扩展:链接和URL的生成
- .NET Core采用的全新配置系统[10]: 配置的同步机制是如何实现的?
- C+实现神经网络之贰—前向传播和反向传播
- 通过重建Hosting系统理解HTTP请求在ASP.NET Core管道中的处理流程[上]:采用管道处理请求
- 2017奇葩机器人大盘点:一言不合让你变瞎
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法
- MyBatis-Plus调试配置,IllegaStateException,StringUtils补充
- NullException、Token的作用、Mapstruct用法
- 1.String类型字符串拼接2.IDEA清除缓存、热部署3.File的用法 4.Dubbo查询服务状态
- 1.Dubbo 常见错误及解决方法
- SpringBoot学习一:创建工程、pom文件
- SpringBoot学习二:基础配置
- Spring Boot 学习三:静态资源、整合 Thymeleaf 页面模板、@RestControllerAdvice
- SpringBoot学习四:日志框架、SpringBoot自动化配置
- SpringBoot学习五:错误处理、跨域支持
- Spring Security安全
- SpringBoot定时任务
- MySQL优化以及索引的使用
- 前端表单提交String类型数据后端转日期数据
- Java - CentOS下JDK的安装与配置
- yum安装与配置 Tomcat