bigWigMerge合并bigwig文件
时间:2022-07-22
本文章向大家介绍bigWigMerge合并bigwig文件,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
UCSC的软件中bigWigMerge和bedGraphToBigWig可以把多个bigwig文件合并。
bigWigMerge下载:
conda install -c bioconda ucsc-bigwigmerge
conda install -c bioconda/label/cf201901 ucsc-bigwigmerge
bigWigMerge说明:
也支持通配符,比如:
bigWigMerge heart_*.bw heart.bedGraph
运行后可生成合并后的bedGraph文件,然后可以通过UCSC中的bedGraphToBigWig再转回bigwig (其中bedGraph必须是sort过的,否则会报错):
sort -k1,1 -k2,2n heart.bedGraph > heart.sorted.bedGraph
bedGraphToBigWig heart.sorted.bedGraph ~/mm10/mm10.chrom.sizes heart_merged.bw
提供参考基因组的染色体大小文件即可转回来。
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