同样的GitHub包你就下载失败
时间:2022-07-22
本文章向大家介绍同样的GitHub包你就下载失败,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
对R语言熟练的小伙伴,通常是不仅仅使用CRAN或者bioconductor的包,也会尝试很多开发者未正式发表的包,比如存放在GitHub等仓库的。正常情况下,很容易下载和安装,我让学徒使用她的Windows电脑测试了,使用以下代码:
library(devtools)
install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
library(AnnoProbe)
gpl='GPL16956'
probe2gene=idmap(gpl,type = 'pipe')
head(probe2gene)
真的是如丝滑般顺利啊, 首先,安装GitHub在线包,需要devtools包或者remotes里面的install_github函数:
加载devtools包或者remotes包
加载了devtools包或者remotes包后就可以使用install_github函数,如下:
使用install_github函数
可以看到,很简单就成功了,因为这个包本身就不大,下载速度也ok,包本身就两三个函数,并不复杂。
很容易安装成功
那么,为什么大家重复这个代码就会遇到各种各样的花式报错呢?
首先第一个原因就是网络问题,中国大陆部分地区访问GitHub非常困难,报错如下:
481595150473_.pic_hd
这个时候,可以试试看另外一个下载方式,install_git函数,代码如下:
library(remotes)
url='https://gitee.com/jmzeng/annoprobe.git'
install_git(url)
并不是说这个函数有多牛,而是因为我把这个annoprobe主动备份到了 gitee.com ,因为gitee.com的服务器在中国大陆,所以在中国大陆的朋友们访问它理论上是非常畅通的。
但并不是所有的的GitHub包都被备份到了gitee.com,所以你有两个策略,首先可以自己主动去gitee.com注册一个账号,然后把别人的GitHub包搬运到你的gitee.com账户,这样你就可以很方便安装了。另外一个办法就是采用特殊办法去先下载GitHub离线包并且解压,然后使用
install.packages("GitHub项目下载路径-master/",repos=NULL,type="source")
自生信技能树VIP群的两个神器推荐,你需要自己摸索使用它哈:
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