pdbsplit将多个chain的pdb文件分割
时间:2022-07-24
本文章向大家介绍pdbsplit将多个chain的pdb文件分割,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
将蛋白质数据库(PDB)坐标文件拆分为新的单独文件,每个链一个文件
# install.packages("bio3d", dependencies=TRUE)
#
options(stringsAsFactors = F)
rm(list=ls())
# setwd('D:\SCIwork\F26\SOST')
library(bio3d)
## Not run:
## Save separate PDB files for each chain of a local or on-line file
pdbsplit( get.pdb("2H8L", URLonly=TRUE) )
## Split several PDBs by chain ID and multi-model records
raw.files <- get.pdb( c("1YX5", "3NOB") , URLonly=TRUE)
chain.files <- pdbsplit(raw.files, path=tempdir(), multi=TRUE)
basename(chain.files)
## Output only desired pdbID_chainID combinations
## for the last entry (1f9j), fetch all chains
ids <- c("1YX5_A", "3NOB_B", "1F9J")
raw.files <- get.pdb( ids , URLonly=TRUE)
chain.files <- pdbsplit(raw.files, ids, path=tempdir())
basename(chain.files)
因此我们将2H8L分割成三个pdb文件。 [1] "split_chain/2H8L_A.pdb" "split_chain/2H8L_B.pdb" "split_chain/2H8L_C.pdb"
- Javascript DOM操作实例
- 2431: [HAOI2009]逆序对数列
- JavaScript实例---表格隔行变色以及移入鼠标高亮
- 1022: [SHOI2008]小约翰的游戏John
- Javascript数组
- 1588: [HNOI2002]营业额统计
- [git]撤销的相关命令:reset、revert、checkout
- Thrift教程初级篇——thrift安装环境变量配置第一个实例
- 1083: [SCOI2005]繁忙的都市
- 1015: [JSOI2008]星球大战starwar
- Tyvj P1813 [JSOI2008]海战训练
- 1820: [JSOI2010]Express Service 快递服务
- 3038: 上帝造题的七分钟2
- 1854: [Scoi2010]游戏
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法