python和R语言计算蛋白质内部氨基酸相互作用
时间:2022-07-26
本文章向大家介绍python和R语言计算蛋白质内部氨基酸相互作用,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
蛋白质数据库(PDB)是生物大分子3D结构的存储库,其中包含其原子的坐标,通过使用两个原子的这些坐标,可以计算它们之间的距离。使用典型的pdb文件,可以使用类似于Biopython文档中介绍的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示:
- 计算直接来自pdb数据库的数据 首先要现在pdb数据库中将4TWU.pdb文件下载下来。 https://www.rcsb.org/structure/4TWU
%reset -f
%clear
# In[*]
from modeller import *
import os
os.chdir("D:\SCIwork\F27\domains")
from modeller import *
from modeller import *
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()
pdb1 ='./4twu.pdb'
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1)
model = structure[0]
chain = model['A']
residue1 = chain[1]
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA']
atom2 = residue2['CA']
distance = atom1-atom2
print(distance)
3.7944605
可以得到1号和2号氨基酸的α碳原子的距离为3.79埃。
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