ggplot2| 绘制KEGG气泡图
时间:2022-07-22
本文章向大家介绍ggplot2| 绘制KEGG气泡图,主要内容包括其使用实例、应用技巧、基本知识点总结和需要注意事项,具有一定的参考价值,需要的朋友可以参考一下。
对生信分析中得到的一些基因,进行KEGG富集分析,达到对基因进行注释和分类的目的。
本文利用R语言的ggplot2包,从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。
一 载入数据集和R包
library(ggplot2)
pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE)
head(pathway)
不同软件得到的KEGG结果的列名称可能不一致,但是这几列几乎都会有。
二 绘制KEGG气泡图
2.1初始化数据并绘制散点图
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point()
可在以下几个方面进行优化:
A:标题,横纵坐标轴;
B:按照通路上基因的多少定义点的大小;
C:根据P值定义点的颜色;
2.2 修改点的大小
#按照Gene个数定义点的大小
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY)) +
geom_point() +
geom_point(aes(size=Gene))
2.3 修改点的颜色
#定义连续型的配色
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")
三 汇总展示
ggplot(pathway,aes(Pvalue,PATHWAY))+
geom_point(aes(size=Gene,color=-1*log10(Qvalue)))+
scale_color_gradient(low="green",high = "red")+ #
labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene", ##expression函数定义函数样式 []添加下标,^添加上标
x="Pvalue", ##自定义标轴
y="Pathway name",
title="Pathway enrichment")+ ##自定义坐标轴
四 参考资料
ggplot2:数据分析与图形艺术
好了,更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
- 最近处理的几个小问题_20160311 (r8笔记第35天)
- Hibernate_day02总结
- Hibernate_day01总结
- ADG备库批量查询失败的原因分析(r8笔记第33天)
- 通过外部表改进一个繁琐的大查询 (r8笔记第32天)
- 一个简单的bigfile tablespace无法扩展的案例处理 (r8笔记第31天)
- 测试环境的迁移式升级和数据整合(r8笔记第27天)
- 增量数据丢失的原因分析(r8笔记第26天)
- Java全栈开发Spring学习第三天
- 一个oracle bug的简单验证(r8笔记第45天)
- 批量导出csv文件的基本尝试(r8笔记第44天)
- Golang 中的并发限制与超时控制
- 一条简单的报警信息发现的oracle bug(r8笔记第42天)
- 一条insert语句导致的性能问题分析(一)(r8笔记第40天)
- JavaScript 教程
- JavaScript 编辑工具
- JavaScript 与HTML
- JavaScript 与Java
- JavaScript 数据结构
- JavaScript 基本数据类型
- JavaScript 特殊数据类型
- JavaScript 运算符
- JavaScript typeof 运算符
- JavaScript 表达式
- JavaScript 类型转换
- JavaScript 基本语法
- JavaScript 注释
- Javascript 基本处理流程
- Javascript 选择结构
- Javascript if 语句
- Javascript if 语句的嵌套
- Javascript switch 语句
- Javascript 循环结构
- Javascript 循环结构实例
- Javascript 跳转语句
- Javascript 控制语句总结
- Javascript 函数介绍
- Javascript 函数的定义
- Javascript 函数调用
- Javascript 几种特殊的函数
- JavaScript 内置函数简介
- Javascript eval() 函数
- Javascript isFinite() 函数
- Javascript isNaN() 函数
- parseInt() 与 parseFloat()
- escape() 与 unescape()
- Javascript 字符串介绍
- Javascript length属性
- javascript 字符串函数
- Javascript 日期对象简介
- Javascript 日期对象用途
- Date 对象属性和方法
- Javascript 数组是什么
- Javascript 创建数组
- Javascript 数组赋值与取值
- Javascript 数组属性和方法