kallisto --genomebam报错解决（GTF文件的坑）

最近用kallisto回帖到基因组上看比对情况的时候，发现出现过两种错误（版本0.46.1结果错误，0.46.2会直接error），记录下解决方案。

    kallisto quant -t 8 -i all_gencode/gencode_all_index 
    -o test/ 
    --rf-stranded 
    ${read1}.fastq.gz ${read2}.fastq.gz 
    --genomebam --gtf merged_genes.gtf 
    --chromosome ~/mm10/mm10.chrom.sizes

错误1： 并没有真正的比对到基因组上，IGV无法可视化，如下图所示（来自github，与我同样的问题）

错误2： 这其实是一个samtools index错误，但是文件中并不存在544185581的position，同样问题出在kallisto。 Region 7321929..544185581 cannot be stored in a bai index. Try using a csi index with min_shift = 14, n_lvls >= 6

第一个问题与第二个问题都是源自GTF注释文件。首先kallisto需要需要的GTF文件必须是标准格式（以下来自GENCODE vM25）：

也就是必须按照gene - transcript - exon的顺序，比如如果这个GTF文件中只有exon或者只有transcript - exon 没有gene都是会发生第一种错误。

第二种错误比较难以察觉，我是看到以下这个人说的才知道怎么解决：

exons是有顺序的，如果这是+链的话，那么exons需要按position升序排列；如果是-链的话，exons则需要按照position降序排列（但是假如一个gene有多个transcripts，transcripts则都是升序）。具体可以参照GENCODE的格式。